FCSAlyzer（跨平台）
FCSalyzer是由Sven Mostböck开发的，2021年3月已更新到0.9.22α版，文件大小仅500KB左右（两个jar文件，如果其中一个运行不正常，用另一个即可）。
该软件完全免费，单个文件，下载即可使用，由于是JAVA语言编写，故可跨平台，意味着你的电脑如果是苹果系统，也可以用。平时可放在优盘中随身携带（windows系统需具备JAVA虚拟机运行环境）。
常用分析操作指南：
新建分析模板（快捷键Ctrl+N）或打开已有的分析模板（快捷键Ctrl+O），选择您要画的图形（点图或直方图），进行设门等操作，最后点击“分析数据”菜单下的“统计结果”（快捷键Alt+S）命令，即可显示各类细胞百分比。
在分析时，您可以使用快捷键Ctrl+A全选所有图形，再用Ctrl＋右箭头切换至下一个文件，或用Ctrl＋左箭头切换至上一个文件，或用Ctrl＋Q在当前选择的图形上导入新的数据分析。这些快捷操作均类似于经典的CellQuest。
运行环境提示：如果双击该文件无法运行或提示出错，可能您的WINDOWS或MAC、Linux系统未安装JAVA运行环境（JRE），请从下列地址下载：https://www.java.com/zh_CN/download/
软件界面预览和简介
Flowing（分析流程可视化）
5年前出品的免费流式分析软件——Flowing，尽管5年多未更新，但是其中的功能绝不逊色于大多数商业流式软件。
这个软件是由芬兰的Perttu Terho等人开发，采用流程图方式分析，特色十足且清晰，由于与FlowJo的分析流程略有变化，所以一定要注意下面的步骤。
我稍微挑几个大家常用的、急需的功能用这个软件演示一下。
1、普通的散点图和密度图、设门相关 软件的分析流程和其它软件略有不同，需要先利用Visualization Tools下面的Plot或Histogram先绘制出图框（可绘制普通散点图，也可绘制密度图、直方图、叠加直方图，叠加直方图后面讲），再选择FCS文件（LMD文件也支持，但是我测试发现，大的LMD文件容易出错，所以还是建议优先用FCS文件）。
更改坐标参数，和其它软件类似，都是在坐标上鼠标右键选择。设门，则是在图上空白区域点鼠标右键，选择Create new Region，至于门的名称、颜色、逻辑组合、删除，都是在右侧Populations窗口鼠标右键执行，这些功能我觉得比Flowjo好用，尤其是逻辑组合：
2、散点图细胞太多，看不清，想少显示一些 对于获取稀有事件的朋友，会获取百万级别的细胞，此时，细胞群之间的分界就看不清楚，为此，就需减少显示的细胞数量，以便圈门。
Flowjo有这功能，Kaluza直到新的2.0版本才具备此功能，而Flowing在5年前就具备了此功能，而且其选择数据的功能十分多样。
在菜单中，选择Data Reduction Tools下面的Reduce Event Number：
会在主界面出现一个空白框Event Number Reducer：
选中该框，选择FCS文件后，然后鼠标右键选择减少事件的方法，可选择固定的数量，也可选择百分比，可选择从文件头取，也可以按照隔行取事件，最后将这个Event Number Reducer与散点图连接，即可显示数量减少后的图形：
3、特色：让直方图的门自动微调 不同数据文件之间，如果两个峰比较明显，但是其分群位置略有变动，大家经常需要自己去手动调，少许几个文件还好说，如果上百个数据一个个去调，要累死人的。
Flowing就有自动微调功能，不知道是否孤陋寡闻，这个功能我觉得还是非常特色的，很少有软件有此功能。
首先画一个Histogram，然后在上面分别画阳性峰和阴性峰的Region，这一步一定要做：
接着，从菜单Create→Region Control Tools下选择move Regions over Negative and Positive Populations：
将图形与该功能框连接后，默认是显示Non Active的：
鼠标右键点击该框，选择Active Control即可：
至于其中自动调整的算法，有三种算法可选，大多数用第一种，如果峰的分隔不是特别好或第一种调坏了，你可选择后面两种：
接下来用菜单中的Next file in directory或快捷键Ctrl＋N切换到下一个文件：
看下图的效果：
4、补偿调节 Flowing的补偿调节虽然没有商业软件可视化拖动滑动条那么简单，但相对来说，也算是比较清晰容易了。
首先选择Create→Data modification tools下面的Compensate Data功能：
出现一个空白框，将该框与已选择FCS文件的散点图连接（注意箭头朝向），然后按照下图的数字标识依次进行操作：Edit modifications→窗口中选择调节补偿的参数，Remove第一个参数 From第二个参数→点击Save之后，调整Spillover值，就可以看到散点图上的图形补偿发生了变化：
5、直方图叠加 选择Create→Visualization Tools下的Overlay Histogram：
接着将其它多个直方图与此框连接（箭头指向此框），即可完成叠加，但是坐标要求名称一致：
这里有FLOWER要问了，我要给直方图加上颜色，好办，只要给那两个普通的直方图加上颜色，叠加直方图也会自动显示透明色的：
6、批量处理和统计 商业软件的批处理都有做进去，Flowing的批处理也一点不逊色。
例如我要统计某个抗原表达率，逐级设门后，最后选择抗原表达的直方图或散点图，鼠标右键菜单中选Create Statistics ，就会出现Statistics框，将常见参数都显示出来了，这只是第一步，接下来在Statistics框上再点击鼠标右键，选择Create StatList，接下来，只需在散点图或直方图上，按Ctrl＋N或Ctrl＋P前后切换数据，就会看到StatList上不断有数据添加上去，最后只需复制StatList上的数据即可。
软件还有很多强大的功能，足够大伙儿用了。
FCSight 0.1
这是我们网站热心站友haven_t 开发的，之前他开发了CFCS，使用MFC框架进行开发，但只能在windows平台运行，于是在2020年他将所有代码都推倒重来，于是有了这个软件，软件外观如下：
数据文件及路径只能是英文字符,否则无法打开。
下载地址: https://pan.baidu.com/s/1ZBl4vJi70Yb5aQoxqbYPsA 提取码: 8tw6
如对软件有建议，请在论坛内与haven_t 站友交流：https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-8493-1-1.html
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